NEJM研究证明WGS可以改善分子分析

wjunxi

　　并行比较表明，双端测序WGS可以在更短的时间内以相近的成本产生更准确的结果


　　全基因组测序准备好用于临床了吗？3月10日发表在《新英格兰医学杂志》上的一篇论文表明它正在步入正轨。在该研究中，圣路易斯华盛顿大学的研究人员发现，与最常见的医疗标准技术——核型分析或荧光原位杂交（FISH）相比，使用Illumina支持的全基因组测序（WGS）评估来自急性骨髓性白血病（AML）和骨髓增生异常综合症（MDS）患者的样本，可以在更短的时间内产生更准确的结果。


　　通过这项研究，我们发现WGS具有通过改善白血病患者的诊断、管理和治疗结果，提供临床实用性的潜力。这对每个人都是好消息。


　　Illumina首席医务官Phil Febbo博士


　　“这些结果很重要，因为它们证明，在临床应用中，WGS性能优于核型分析或FISH，”Illumina首席医务官Phil Febbo博士说道。“这些重要的发现来自2008年发表了第一个癌症全基因组的团队，展示了WGS如何从实验室走向癌症临床，也证明在某些情况下WGS已经变得经济实惠。”


　　病理学家使用不同的技术评估骨髓肿瘤样本中的遗传突变，包括核型分析、靶向测序和FISH。在核型分析中，医生目视评估染色体是否受损。FISH使用荧光探针检测异常。


　　尽管这些方法曾经很有效，但是它们也都有不足之处。即使在理想情况下，核型也难以解读。同时，培养的细胞可能无法正常生长，迫使临床医生从患者身上获取更多样本。FISH可能不准确，因为其结果可能是主观的。尽管WGS为这些难题提供了可能解决方案，但该技术是在研究环境中进行的，研究结果需要经过临床验证过的检测进行确认。


　　这项研究最初分析了263位骨髓癌患者。其中，235人已经进行了核型分析。WGS检测到了初步筛查发现的所有突变，以及核型分析遗漏的40个基因组异常。


　　测序的样本中有一部分来自117位未经挑选的连续患者。在该队列中，WGS在29位患者中发现了新的遗传变异。其中19位患者的新发现可能将他们重新归类到不同的风险类别，这意味着测序可能已经改变了他们的治疗计划。


　　总体而言，WGS 100%鉴定出了核型分析和FISH鉴定的突变，并在25%的患者中发现了新异常。这可能改变骨髓癌患者的管理方式。


　　WGS工作流的周转时间与标准测试相同，甚至更短，标准测试可能需要患者花费7–14天的时间。而WGS平均只需不到一周，在某些情况下，甚至可在3天内获得结果。


　　这些结果对于癌症患者和关系他们的人有很大的影响。对于患者，诊断准确性的提高意味着他们可以获得更精准的治疗。根据AML患者的疾病严重程度，将其分为三种不同的治疗方案。给予错误治疗方案的患者可能会接受过度治疗或治疗不足。在极端的例子中，错误分类的患者可能接受不必要的干细胞移植，这是非常昂贵且危险的过程。


　　对于医院和病理学家，WGS可简化他们评估肿瘤样本的方式。他们可以依靠有限数量的样本改善工作流程，无需使用多种技术。例如，FISH探针有三种类型，每种都必须在不同的临床场景中使用。WGS可以避免这些不必要的麻烦。


　　这些结果也抵消了WGS太慢且成本太高而无法用于临床情况的担忧。NovaSeq 6000、Illumina测序化学技术和DRAGEN生物信息学平台的组合在不增加成本的情况下可以更快地生成结果。*


　　作者相信，这项概念验证性研究是一个很好的开始，鼓励研究人员在更大的队列中继续研究。


　　“我们刚刚纪念了人类基因组计划20周年，因此这些发现很及时，”Febbo说道。“计划的一个目标是激励技术进步，例如改善患者医疗的WGS。通过这项研究，我们发现WGS具有通过改善白血病患者的诊断、管理和治疗结果，提供临床实用性的潜力。这对每个人都是好消息。”