降低NGS实验成本的方法是什么？

浪浪沙

　　随着成本稳步下降，二代测序 NGS变逐渐增多，但如果经常使用，它仍然是一种成本昂贵的工具。其实在实验室中，NGS掌控好以下几个环节也是可以节省 NGS 的总体成本的。这里提供一些关于降低二代测序 -NGS成本的方法可供参考。
　　1. 样品质量控制
　　样本的质量直接关乎到二代测成本，质量较差的样本，会间接增加测序步骤和处理时间。所以，降低成本的简单方法之一就是从样品提取开始，通过部署于样品类型和目标核酸的样品纯化方法，来确保用于下游分析的核酸纯度和产量。NGS文库制备过程中发生的酶促反应对所用样品的数量和质量较敏感。因此，量化样本(通过 qPCR、荧光定量或核酸电泳等方法量化样本是一个重要步骤，尤其是对于具有挑战性的样本，例如固定组织、污染或低丰度样本。
　　2. 选择正确的文库制备方法
　　罗氏认为，为预期的下游测序应用选择正确的文库制备方法也是降低 二代测序NGS 成本的主要措施。例如，如果测序目的只是筛选变异基因，那么只需要选择对目标基因组编码区域进行富集和测序，需要测序样本总量也较少，从而允许每个用于测序运行的流动槽内获得较多的样品，这样可以提升生成的数据质量由此节约总体成本。 通过反复试验发现这种策略比全基因组测序成本低，因为全基因组测序需要对每个样本进行复杂的测序。另外文库制备工具包也可以帮助您降低成本。选择一种快速、可靠的文库制备方法来制备类似样品类型将减少手动操作时间以及重复失败样品的需要，如果采用了合适的方法，就可以空出人员和实验室设备来执行其它复杂的 NGS 。在这个过程中可以使用一些试剂盒以到无 PCR 版本无需文库扩增，这样可以节省较多时间。