尽管在过去的几十年里,DNA测序成本大幅降低,但研究人员仍然面临着从三个方面考虑测序事宜:1)基因组覆盖度,即被测到的碱基占全基因组大小的比率;2)每个样本的测序深度,测序深度即每个碱基被测到的次数;3)测序的样本总数。 简化基因组测序(RAD-seq)的出现使得全基因组变异模式检测取得了突破进展,但是基因组大部分标记未获得是简化基因组的重要限制因素之一。 混池测序(Pool-seq)对于群体研究来说能够有效降低成本,但是,混池测序丢失了个体信息,无法进行个体层面的分析,也无法检测个体之间隐藏的信息。 有没有一种方案既能在群体水平对整个基因组进行研究,又能同时保留个体信息,而且其费用和RAD-seq、Pool-seq相当呢? 低深度重测序(lcWGS)正成为一种有效的替代方案,它借助概率统计策略,通过牺牲测序深度,以换取更大的基因组覆盖度和更大的样本量。那么低深度重测序可以分析什么类型的数据呢?什么样的实验设计可以获得最可靠的结果呢?今天带来低深度重测序群体研究之新手入门指南,希望能给大家带来帮助。 低深度重测序入门指南于2021年7月发表在Molecular Ecology,共包括四部分,详述如下。 一、 低深度重测序的成本是多少呢? 对于基因组较小的物种来说,低深度重测序可能比简化基因组(RAD-seq)方法更便宜,而且随着测序成本的继续下降,价格可能会进一步下降。另外,对非模式生物来说,低深度重测序的限制条件是参考基因组。如果没有参考基因组,常规的解决方案是选择近缘物种。三代测序技术的发展,使得可以较低的成本获得染色体水平的基因组。因此,如果没有参考基因组,基因组de novo对启动新的低深度重测序研究可能是有意义的。
|