低深度重测序之群体研究新手入门指南

浪浪沙

　　尽管在过去的几十年里，DNA测序成本大幅降低，但研究人员仍然面临着从三个方面考虑测序事宜：1)基因组覆盖度，即被测到的碱基占全基因组大小的比率;2)每个样本的测序深度，测序深度即每个碱基被测到的次数;3)测序的样本总数。

　　简化基因组测序(RAD-seq)的出现使得全基因组变异模式检测取得了突破进展，但是基因组大部分标记未获得是简化基因组的重要限制因素之一。

　　混池测序(Pool-seq)对于群体研究来说能够有效降低成本，但是，混池测序丢失了个体信息，无法进行个体层面的分析，也无法检测个体之间隐藏的信息。

　　有没有一种方案既能在群体水平对整个基因组进行研究，又能同时保留个体信息，而且其费用和RAD-seq、Pool-seq相当呢?

　　低深度重测序(lcWGS)正成为一种有效的替代方案，它借助概率统计策略，通过牺牲测序深度，以换取更大的基因组覆盖度和更大的样本量。那么低深度重测序可以分析什么类型的数据呢?什么样的实验设计可以获得最可靠的结果呢?今天带来低深度重测序群体研究之新手入门指南，希望能给大家带来帮助。

　　低深度重测序入门指南于2021年7月发表在Molecular Ecology，共包括四部分，详述如下。

　　一、 低深度重测序的成本是多少呢?

　　对于基因组较小的物种来说，低深度重测序可能比简化基因组(RAD-seq)方法更便宜，而且随着测序成本的继续下降，价格可能会进一步下降。另外，对非模式生物来说，低深度重测序的限制条件是参考基因组。如果没有参考基因组，常规的解决方案是选择近缘物种。三代测序技术的发展，使得可以较低的成本获得染色体水平的基因组。因此，如果没有参考基因组，基因组de novo对启动新的低深度重测序研究可能是有意义的。