一文读懂进化树

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　　随着测序成本的下降，简化测序和全基因组重测序在遗传进化中的应用变得越来越广泛，对研究群体进行简化测序或者全基因组重测序获得的用于分析的标记通常为SNP标记，有许多研究人员获得SNP标记后，往往不知道如何利用SNP标记进行进化树的构建，脑子往往一直停留在序列比对--修改--构建进化树的阶段，其实基于SNP进行进化树的构建的过程相当简单，每个样本的每个位点连起来就是一条序列，因为每个样本的SNP数目相同，所以比对这一步就可以直接省去了。

　　下面进化树小编就从VCF开始，VCF转MEGA格式。用TASSEL打开VCF文件，另存为Phylip格式（Save As — Phylip(Interleaved)），如图3，然后用MEGA7把Phylip文件转换成MEGA格式（File — Convert File Format to MEGA — 选择刚才转出的Phylip文件按提示操作存成.meg文件），转出的格式如图4，前两行为文件头信息，无实际意义，但是必有。“#33-16”表示样本编号，与fasta文件的格式不同，mega格式样本的起始不是“>”而是“#”，接下来便是该样本的SNP连接成的序列信息。