三代宏基因组测序揭示了新的次生代谢产物多样性

浪***

　　本文作者运用“三+二”测序技术(Nanopore和Illumina NGS测序技术)对森林内不同地点的不同土层进行了宏基因组研究，揭示了新的次生代谢产物多样性。宏基因组以下文章来源于微生态笔记 ，作者DengLab.
　　新型抗生素的发现对于应对耐药性蔓延、抵御新传染病至关重要。目前应用于临床的抗生素大多是可培养土壤微生物产生的次级代谢产物，其发现与培养需要耗费大量的时间和资源。宏基因组技术能同时得到可培养和不可培养的潜在微生物多样性，但应解决以下问题：哪种测序方法能更好地得到微生物多样性和生物合成潜力的信息?应当从土壤的哪一部分采样?这些产生于大数据探索的模式和相关性对将来发现新型天然产物是否具有指导意义?本文对森林中多个距离相近采样点的不同深度土壤层样本进行了扩增子测序和宏基因组测序。宏基因组发掘鉴定了许多新的生物合成基因簇(biosynthetic gene clusters, BGCs)和酶促结构域序列。长读长和短读长结合改善了宏基因组的组装，并使得BGC得到更好的注释。与扩增子数据集相比，鸟枪法宏基因组测序数据集能获得更多新的结构域。总体而言，本文揭示了土壤微生物的生物合成潜力;表明同时对不同土壤和不同土层进行采样对于获取微生物和生物合成多样性是十分重要的;强调了宏基因组测序方法的优点。