高分文章炼成记---16s测序联合转录组研究新思路

浪浪沙

　　在瘤胃中的短链脂肪酸(SCFAs)对反刍动物的生长和健康起着关键的作用，微生物G蛋白偶联受体(GPR)和微生物脱乙酰化酶(HDAC)可能是这些影响的主要调节通路。该研究主要是选用不同比例非纤维碳水化合物摄入(15-30%)的山羊模型，通过转录组测序和16srRNA测序联合研究瘤胃上皮细胞和瘤胃微生物协同的响应机制。通过研究发现，瘤胃中微生物来源的SCFAs对上皮细胞的生长和代谢受到GPR和HDAC调节网络的影响，通过对这些调控机制和饮食组成的相互关系的理解，16s rna基因测序​可更深入的了解瘤胃的新陈代谢机制，更好的促进牧业的发展。

　　该篇文章发表于《Microbiome》杂志(IF=8.4973)，其中高通量测序分析部分(微生物多样性和转录组)由百迈客协助完成。

　　研究方法

　　样品取材：共6只雄性山羊，随机分为两组，第一组饲养为65%的干草+35%的饲料(MC组)，另一组为90%的干草+10%的饲料(LC组);喂养28d后进行取样。

　　微生物多样性样品：饲养第28天，在清晨喂养0h、2h、5h以及8h进行取样，瘤胃内容物用4层纱布取样 ，收集瘤胃液15ml，-20℃保存用于提取。

　　转录调控测序取样：取10cm2瘤胃组织，用冷却的PBS进行清洗，去除肌肉层，取上皮组织切块于TRIzol保存液保存。液氮速冻5min后，-80保存用于RNA提取。

　　短链脂肪酸(SCFAs)浓度测定：上述样品加入5%HgCl2用于浓度测定。

　　测序分析：

　　瘤胃内容物微生物多样性测序：细菌V3+V4区、Illumina Miseq 平台测序

　　瘤胃上皮细胞转录组测序测序： PE125 测序、Illumina Hiseq2500 平台测序